اولویت‌های پژوهشی مرکز

-     نیازسنجی نیازهای معنوی گروه‌­های مختلف هدف(سنی، شغلی و تخصصی)

-     راهکارهای ادغام معنویت در برنامه‌های آموزشی(عمومی و تخصصی)

-     راهکارهای ارتقای سلامت معنوی در جامعه و برای گروه­‌های مختلف سنی

-     تدوین سرفصل‌های سلامت معنوی به عنوان بخشی از کوریکولوم رشته‌های علوم پزشکی

-     طراحی مداخلات معنوی بر اساس نیاز بیماران و همراهان

-     بررسی راهکارهای ارتقای معنویت‌گرایی در پزشکان و کادردرمانی

-     بررسی چگونگی استفاده از آموزه‌های دین در حل بحران‌های زیست‌محیطی

-     تدوین راهنمای خدمات سلامت  Health Services Guideline در عرصه سلامت معنوی بیماران

-     تعیین جایگاه سلامت معنوی در مداخلات درمانی و بیماری‌های مزمن و حاد(تروما، سرطان، بیماری­‌های روان­پزشکی و ....)

-     تعیین جایگاه پزشکان و پیراپزشکان در ارتقای سلامت معنوی جامعه

-     تعیین مبانی نظری و عملی سلامت معنوی و جایگاه آن در عرصه سلامت

-     تعیین مقیاس اندازه‌گیری سنجش سلامت معنوی در حیطه­‌های بهداشتی درمانی و آموزشی پزشکی

-     تعیین مصادیق عملی سلامت معنوی در بین پزشکان دانشجویان و بیماران

-     قرآن و سلامت

-     قرآن و علوم طبیعی

-     قرآن و تربیت

-     قرآن و خانواده

-     قرآن و مدیریت

-     فقه و حقوق، جامعه‌شناسی و سیاست در قرآن

-     معرفت‌شناسی، فلسفه و کلام در قرآن